Encontra-se em Licença Especial, no IST, desde Outubro 1992, sendo Docente do Departamento de Engenharia Electrotécnica e de Computadores (DECE), da Faculdade de Ciências e Tecnologia (FCT), da Universidade de Macau (UM), Macau, China, onde é Professor Catedrático de Mérito (“Chair Professor”) desde Agosto 2013. Na FCT foi Director da Faculdade entre 1994 e 1997 e tem sido Vice-Reitor da UM desde Setembro 1997. A partir de Setembro 2008, na sequência da reforma dos Estatutos da Universidade, foi nomeado após recrutamento por concurso aberto e internacional como Vice-Reitor (Investigação), tendo sido reconduzido no lugar, em 2013, até 31 Agosto 2018.

No âmbito da sua actividade de ensino e investigação leccionou 21 cadeiras de licenciatura e mestrado e orientou 35 teses, de doutoramento (15) e de mestrado (20). Publicou como co-autor: 5 livros e 4 capítulos de livro (“refereed”); 9 Patentes nos Estados Unidos, 286 artigos (“refereed”), em revistas científicas (65) e em actas de conferências (221); assim como outros 47 trabalhos académicos, num total de 351 publicações.

Foi um dos co-fundadores da Chipidea Microelectronics (Macau) [agora Synopsys, USA] em 2001/2002, e fundou em 2003 o Analog and Mixed-Signal VLSI Research Laboratory da UM, que foi elevado em 2011 ao estatuto de Laboratório de Referência da China – State Key Laboratory http://www.amsv.umac.mo/ (o primeiro e único em engenharia em Macau), sendo o seu Director-Fundador. Foi o gestor financeiro, reconhecido pela União Europeia, de uma Cátedra Jean Monnet em “EU Law – Facing the Constitution and Governance Challenges in the Era of Globalization“, única nas universidades de HK e Macau, para o período de 2007 a 2010. E, é o coordenador-geral do European Union Academic Program (EUAP) Macau http://europe.umac.mo/, para o período de 2012 a 2017. Tem igualmente representado o Reitor da Universidade de Macau, na Vice-Presidência da Associação das Universidades de Língua Portuguesa (AULP) entre 2005 e 2014, e agora, a partir de Setembro 2014 e até 2017, na Presidência desta mesma Associação.

O Prof. Rui Martins é IEEE Fellow, foi o Chairman (e o Fundador) da Secção de Macau do IEEE entre 2003 e 2005, e do IEEE Macau Joint-Chapter on CAS/COMentre 2005 e 2008 [2009 World Chapter of the Year da Circuits And Systems Society (CASS) do IEEE]. Foi General-Chair da IEEE Asia-Pacific Conference on CAS– APCCAS’08, em Dezembro 2008, e foi Vice-Presidente para a Região 10 (Ásia, Austrália, o Pacífico) da CASS do IEEE para o período 2009 a 2011. Desde então, foi Vice-Presidente (“World”) para Regional Activities and Membership da CASS do IEEE para o período 2012 a 2013. Foi Associate Editor das IEEE Transactions on Circuits and Systems II: Express Briefs para o período 2010 a 2013, tendo sido nomeado Best Associate Editor das T-CAS II para o período 2012 a 2013. Foi também membro do IEEE CASS Fellow Evaluation Committee (Classes de 2013 e 2014), e o representante da CASS do IEEE na Comissão de Nomeação, para a eleição em 2014, do Director da Divisão I (CASS/EDS/SSCS) do IEEE. Foi igualmente condecorado por 2 vezes pelo Governo de Macau, em 1999 com a Medalha de Mérito Profissional pela Administração Portuguesa, e em 2001 com o Título Honorífico de Valor pela Administração Chinesa. Em Julho de 2010 foi eleito, por unanimidade, Membro Correspondente da Academia das Ciências de Lisboa, Portugal, na classe de Ciências, 7ª. secção – Ciências da Engenharia e outras Ciências Aplicadas, sendo o único Português, membro da Academia, a viver na Ásia.